La aprobación por parte de las autoridades se produjo el 22 de marzo de aquel mismo año. Como primer presidente, cedió la trastienda de su tienda como primera sede social del club.
Una vez creado el nuevo club, los esfuerzos de los hermanos Padrós se centraron en la puesta en marcha de un campeonato, de ámbito nacional, entre clubes. Carlos Padrós había propuesto organizar el torneo con motivo de los festejos celebrados en Madrid por la mayoría de edad de Alfonso XIII. Tras las intensas gestiones de Carlos y Juan, el Concurso Madrid, considerado el antecedente directo de la Copa del Rey, se disputó en mayo de 1903 en la capital española.
Esta experiencia sentó las bases para la puesta en marcha, un año más tarde, del Campeonato de España, organizado también por el club que presidía Juan Padrós, En 1903 Joan Padrós vio como el club que presidía conquistaba su primer título, el Campeonato Regional Centro de ese año.
A principios de 1904 el Madrid FC absorbió absorbió al AS Amicale y el Moderno FC, tras la cual Juan Padrós abandonó la presidencia del club en favor de su hermano, en aquel entonces presidente de la Federación Madrileña de Foot ball que él mismo creó.
Tras un largo período apartado de los asuntos futbolísticos, se hizo cargo de la Federación Española de Club de Foot-ball, un organismo que vivía uno de los momentos más delicados de su incipiente historia: cinco presidentes en apenas un año y un cisma provocado por un grupo de clubes disidentes que habían fundado su propia federación, la Unión de Club.
